理解SARS-COV-2近距离研究基因组
Corona病毒大流行遍及全球并杀死三百多万人由严重急性呼吸综合症Corona病毒2(SARS-COV-2)引起,并被认为发源于蝙蝠并通过中间宿主传播到人CoVID-19患者数目以惊人速率增长到许多国家世界各地的科学家正不懈地努力理解病毒机制并寻找更好的治疗干预控制感染率
理解SARS-COV-2:深入研究基因组
总体说来,冠状病毒含有约30kb长度RNA(单串式)基因组SARS-COV-2病毒中包含一组异形病毒,基因组长度约29.9kb内含11个功能基因SARS-COV2与严重急性呼吸综合症科罗那病毒和中东呼吸系统综合症科罗那病毒共享临床特征,但它只与这些病毒共享79%和50%基因组序列相似性。SARS-COV-2基因序列90%与SARS类日志病毒完全相同另有报告显示SARS-COV-2和SARS-COV之间的各种关键基因组差异,包括380种不同的氨基酸替代法、ORFA删除法和ORF8b延展法
CoVID-19病人的不同转录主机响应
使用最新测序技术的BARJ研究者从Bangladesh Jute研究所设计了一项研究,从Bangladesh病人中测序SARS-COV-2基因组开始采集asoaryngeal样本目的是剖析COVID-19病人笔录器(寄送者RNA所有分子之和由生物机中的基因表示)来自Nasoparyngal swabs 和从每个宿主分离出病毒的基因特征比较主机对数个SARS-COV-2感染系统的不同响应
严重急性呼吸综合症Corona病毒2
一种研究来自南亚,报告四个SARS-COV隔离区观察到基因组变异研究人员调查各种COVID-19感染模型主机转录响应的变异和这些变异的潜在后果地图读数重新集合(从数个脱氧核糖核酸碎片构建基因组法)团队应用中国生物信息中心门户2019新科罗那病毒资源(2019nCoVR)的变异识别工具识别SARS-COV-2序列变异并使用同门的变异注解法注解隔离SARS-COV分片的变异组合变换效果预测器工具应用来进一步描述变换效果
所报告所有分离物在3C类预设物中都有独特和稀有误差变异功能浓缩分析显示,原生豁免、插件和细胞作用激活都与宿主诱发响应相关奇怪的是,这些病人显示没有激活aptosis、phagosome、抗原表达或缺氧响应肺部、免疫和细胞信号基因包括CCL4TNFA、IL6IL1A、CCL2CL2CL2IF和CCR1脉冲2超表达式虽然在鼻孔细胞中检测到高ACE2和低DPP4表达式
识别潜在中间主机-南亚数据
在另一个重要研究项目中,BARJ团队使用Silco方法预测SARS-COV-2的潜在主机和中间主机测试组对ACE2和 Transmbrane serin2(TRMPRSS2)进行了多样性分析ACE2代理SARS-COV-2手机接收器,TRMPRSS帮助加注蛋白基于ACE2和TMPRSS2氨基酸序列人类ACE2被发现与Rhesusmacques并存,但与鼠标和鼠标ACE2分离树上博维达族成员,如牛、水牛、山羊和绵羊组成集群,而所有鸟类与鸡聚在一起
Rhesusmacaque是唯一与人ACE2百分百相似的物种,与人一样易受SARS-COV-2影响
研究中,它们还用ACE2刺激SARS-COV-2SRBD结构测试调查绑定性并识别潜在中间动物宿主 负责向南亚人传播日志病毒依据最近解析的SARS-COV-2SRBD结构与人ACE2复合SARS-COV-2SRBD使用潜力预测基于20个人评分和Rhesusmacaque是唯一与人ACE2百分百相似的物种,与人一样易受SARS-COV-2影响南亚家庭农作系统常见树类像牛牛牛牛牛羊波维达高分80分鼠类、鼠类和鸟类得分不足50分通过分析 研究团队识别牛牛羊ACE2蛋白复合体和SARS-COV-2SRBD交互界面突出
未来视角
差分转录机研究数据可提供新洞察宿主从呼吸道不同部分对病毒的反应尽管此项研究只包括少数案例,但研究结果有助于开发未来研究,以说明主机对病毒发源的不同响应深入研究后,更多数据可整合并丰富对有效治疗方法的探索潜在中间主机研究的发现可提供宝贵的资源确定南亚SARS-COV-2的可能主机适当管理潜在主机和中间主机可减少未来COVID-19暴发的风险
个人响应
有计划使用自学数据并开发有效治疗策略以对抗COVID-19吗? 全世界许多国家正经历第二波?
s-CoV-2从孟加拉分离出没有基因组序列SARS-COV-2基因序列为研究界提供孟加拉国病人对SARS-COV-2进行多样性分析和分子化的机会支持孟加拉国卫生医学部门, 研究开发有效治标策略以对抗COVID-19虽然中心主要侧重于黄麻基因组研究和改善黄麻品种,但我们准备向与COVID-19相关的研究工作提供各种支持,以增进人类福祉。